일본정부는 3일 구마모토 현에서 ‘진도 6’으로 관측된 지진이 발생함에 따라 총리관저 위기관리센터에 대책본부를 설치하고, 피해 지자체와 연계해 피해상황 파악에 총력을 기울이고 있다. 아베 신조 일본총리는 각 부처에 조속한 피해상황 파악, 피해자 구명구조, 국민에 대한 정확한 정보 제공 등을 지시했다.
이와 함께 관계부처의 국장급을 중심으로 한 긴급대응 팀을 소집했다. 스가 요시히데 관방장관은 오후 6시 반쯤 황급히 관저에 들어간 이후 긴급 기자회견에서 “재해 지자체와 긴밀히 제휴를 도모하면서, 구명 구조활동을 최우선으로 재해 응급대책에 전력으로 임하겠다"고 말했다.